פרס סמואל ופאולה אלקלס למדען מצטיין בתחום הרפואה הוענק במשך 25 שנה על-פי צוואתו של ד"ר לודוויג אלקלס ז"ל. הפרס הוענק באמצעות קרן קימת לישראל למדען שנבחר על-ידי ועדת הנהלת הפרס של קרן סמואל ופאולה אלקלס ז"ל.
פעם האחרונה הוענק הפרס בשנת 2013 וזכתה בו פרופ' אורלי פלג, מנהלת מחלקת גנטיקה ומחלות מטבוליות בבית החולים הדסה.