לאחר ההפגזה נעו חיילים מצרים לעבר בית אשל, ששמרה כל העת על דממת אש כדי לחסוך בתחמושת. לפתע נסוגו המצרים. בתום המלחמה סיפר קצין מצרי שבוי שמפקד המתקפה לא הספיק להשיב את ידו לאחור לאחר שהכניס פגז למרגמה. הפגז פגע בידו והתפוצץ, וחיילים מצרים שהיו בקרבתו נהרגו ונעצרו. הצבא המצרי לא שב עוד להסתער על בית אשל מכיוון שהתמקד בקרבות על ירושלים, אך המשיך להפגיז את היישוב מדי יום ביומו בתותחים ובמרגמות.
במהלך שנת המלחמה הגיעו לבית אשל שש שיירות. השיירה האחרונה, שהגיעה ב-21 במאי, הביאה נשק צ'כי וכמות גדולה של תחמושת ומוקשים, שתרמו תרומה עצומה לכושר הלחימה של בית אשל. עם השיירה הגיעו אספקה ומתנדבים מבני המושבים ("נערי בילו") ואיתם יונתן דותן (ג'וני), שהחליף את מפקד הגזרה משה יצהר ההרוג.
המשימה הדחופה והחשובה הייתה לבנות מחדש את מערכת הביצורים לאחר שהקודמת קרסה. אחד מחברי בית אשל, שרכש במלחמת העולם השנייה ניסיון בבניית ביצורים, הציע תכנית. לאחר שיפורים קלים של מפקד האזור וג'וני, זכתה התכנית באישור מפקדת החטיבה שברוחמה. התכנית קבעה שבע עמדות מחופרות וממוגנות ותעלות קשר עמוקות. בעורף כל עמדה נבנו שלושה בונקרים למגורים אישיים. כן הוקם מקלט גדול ובו מטבח, מחסן מצרכים, מחסן בגדים, מאפייה, מרפאה ומגורים לבחורות ולרופא. נבנה בונקר לפיקוד ולקשר. המגינים הקיפו את בית אשל בסוללת עפר ממערב ומצפון וכיסו את מכון המים בעפר. הביצורים נבנו על ידי אנשי בית אשל וחברי הפלמ"ח בעבודת כפיים מאומצת. חלק מהעבודות נעשו בלילות, תחת הפגזות בלתי פוסקות.
ב-28 במאי, בעת הנחת מוקשים מסביב לבית אשל, נהרג החבלן משה רוזנצוויג. ב-3 ביוני עלה סיור של אנשי הפלמ"ח על מוקש. בקרב שהתפתח נהרגו אנשי הפלמ"ח שלמה גרינפל ומרדכי גריץ, שהיו מוצבים בבית אשל. במהלך כ-150 ימי הפגזות ספג היישוב לפחות 3,000 פגזים, ללא אבדות בנפש, הודות לאיכות הביצורים אשר נבנו מחדש לאחר ההפגזה הראשונה. בחודש אוגוסט 1948 פוצצו אנשי בית אשל את בית הביטחון, מכיוון שקירותיו נפגעו מפגזים והיה חשש שהבניין יקרוס.
המגורים בבונקרים ובמקלט היו בתנאים קשים. האוכל הוגש לכל אחד בנפרד ועל האנשים נאסר להתאסף יחדיו מחשש לפגיעת פגז. האספקה הלכה והתמעטה עקב הצורך להתחלק במלאי עם היישובים השכנים.
מצוקת האספקה הובילה לפתרון מקומי חלקי. החברים פרסו פרוסות בשר מפרות שנפגעו ולאחר טבילה במלח תלו אותן לייבוש בשמש. הריח היה נורא, כמו גרביים מסריחות אבל נתחי הבשר המיובש התבשלו במטבח ונאכלו בתיאבון. פרוסות הבשר נקראו "הגרביים של נתן", על שמו של הפר שנהרג בהפגזה.