במרכזו של אירוע הצפרתון עומד מרתון צפרות ארצי, בו משתתפים צוותים של צפרים שמטרתם לדגום בכל רחבי ישראל כמה שיותר מינים של ציפורים, במשך 24 שעות רצופות. מדובר באתגר ייחודי המחייב היכרות עמוקה ומקיפה עם שלל בתי הגידול של הציפורים בישראל, ועם מגוון מיני הציפורים שניתן לראות בכל מקום.
מגבלת הזמן מחייבת את הצוותים לבחור אסטרטגיה לניצול אופטימלי של הזמן המוגבל העומד לרשותם, ולחשב באופן מדויק את מועדי ההגעה המתאימים לכל בית גידול ומיני הציפורים שאותם הם מצפים לראות. כל אחד מחברי הצוות הזוכה בתחרות זוכה במשקפת יוקרתית.
בשנים האחרונות הולכת וגוברת ההתעניינות בתחום צילום הציפורים, שהוא אחד התחומים המאתגרים ביותר לצילום. הציפורים המרהיבות ביופיין חמקמקות, מסתתרות ונעות במהירות גדולה, וככל שהאתגר לצלם אותן גדול, כך גדל גם הסיפוק בהפקת תמונה מנצחת של ציפור.
מרתון צילום הציפורים שמתקיים במסגרת צפרתון קק"ל תפס כבר את מקומו כאחת מתחרויות צילום הטבע החשובות בישראל. התחרות נערכת בשיתוף אגודת צלמי הטבע בישראל, השותפה גם לשיפוט הצילומים.
הצילומים הזוכים מוצגים בטקס סיום הצפרתון, והצלמים שעבודותיהם מגיעות לשלושת המקומות הראשונים זוכים בשוברים יקרי ערך לרכישת ציוד צילום. הצילומים הטובים ביותר מוצגים בתערוכה בשיתוף עם ארכיון הצילומים של קק"ל, ובסיומה מפורסמים בגרסה מקוונת.
התמונות שנבחרו לתערוכה משתתפות גם בתחרות שבה נבחרת התמונה האהובה ביותר על הקהל הרחב. הצלם או הצלמת הזוכים בתחרות זו זוכים גם הם בפרס יקר ערך.