אחד הפרויקטים בתחום טיהור מים בו מעורבת קק"ל (בשיתוף עם קק"ל אוסטרליה ורשות נחל הירקון) הוא פרויקט האגנים הירוקים בירקון. בפרויקט זה נאספים השפכים המטוהרים ממפעלי טיהור השפכים בהוד השרון ובכפר סבא בבריכות רדודות המשתרעות על פני 80 דונם ובהן חצץ שבשוליו שתולה צמחייה מקומית.
בריכות אלו משמשות כבית גידול לחיידקים המתפתחים על אבני החצץ הקטנות ומפרקים שאריות של חומרי הדברה, הורמונים וחומרים כימיים שנשארו במים ומשפרים את איכותם. במערכת ניתן להזרים מדי יום כ-30 אלף מ"ק מים. המים המטוהרים מוזרמים לחלקו התיכון של הירקון ומבטיחים מקור מים קבוע של מים איכותיים לנחל, ועוזרים בשיקום המערכת האקולוגית של הנחל. לאחר שהמים "מילאו את תפקידם", הם יישאבו ויופנו לחקלאות ולגינון עירוני.