מבנה הכנסייה שנראה כיום במקום נבנה במחצית השנייה של המאה השמינית, תחת שלטון האסלאם. זו הייתה כנסייה גדולה שאורכה עמד על 28 מטרים. הכנסייה נבנתה במתכונת של בזיליקה – אולם תווך ושתי סיטראות משני צדדיו. התקרה נתמכה בשני טורים של עמודים, שבעה זוגות עמודים בכל טור, ששרדו באתר יחד עם הכותרות שלהם.
ההר נקרא על שמה של ברניקי, בתו יפת-התואר של אגריפס הראשון, נכדם של הורדוס ושל מרים החשמונאית. המצביא הרומאי טיטוס, שלימים נעשה קיסר רומא, לא עמד בפני קסמה ויופייה, התאהב בה ולקח אותה עמו לרומא. כשנבחר לקיסר נאלץ להחזירה ליהודה, משום שהעם הרומאי לא רצה לראות בממלכתו מלכה יהודיה. העובדה שלהשתלשלות אירועים מרתקת זו אין קשר להר שמעל טבריה לא הפריעה לתושבי המקום לקרוא להר בערבית על שמה: קצר בנת אל-מלכ (ארמון בת המלכה).
על מנת לטפס על ההר נוסעים לדרומה של טבריה ומרחוב הגליל, הרחוב הראשי של טבריה, עולים ברחוב הנטור לרחוב השילוח, פונים ימינה ומטפסים מיד ברחוב טולדנו המתעקל שמאלה ומטפס עד לדרך עפר. הדרך העבירה לכל רכב מעפילה כ-1.5 ק"מ במרומי ההר, עד לרחבת החניה הקטנה שליד שרידי המנזר בהר ברניקי.