ייעודה של יחידת המדען הראשי בקרן קימת לישראל הוא לפתח ידע מקצועי עבור הארגון, אשר יביא למיצוי טוב יותר של יכולותיו, יחזק תשתית של קבלת החלטות מקצועיות ויקנה ידע מדעי שישמש את יחידות השטח. פיתוח הידע ביחידה מתבסס על סקרים, מחקרים ופיילוטים המתבצעים באמצעות גופי מחקר. זאת לצד תמיכה במרכזי חדשנות בגליל ובנגב, בהם מקודמים סטארט-אפים, צ'אלנג'ים, האקתונים ועוד.
היחידה נמצאת בקשרים מקצועיים עם מוסדות אקדמיים ועם גופי מחקר ישראליים ובינלאומיים, וכן מייצגת את קק"ל בפורומים מקצועיים וניהוליים. בנוסף, היא תומכת באמצעות מלגות לסטודנטים בתחומי סביבה וקיימות.
נושאי הפעילות העיקריים של יחידת המדען הראשי כוללים, בין השאר:
- סביבה וקיימות
- שינוי אקלים – אנרגיות מתחדשות והיערכות לאקלים קיצוני
- סביבות לחות – נחלים, מעיינות, בריכות חורף ומאגרי מים
- צפרות
- חקלאות מקיימת
- חינוך סביבתי ומדע אזרחי
- היסטוריה ומורשת של הציונות