המדען הראשי יוזם מחקרי שטח יישומיים ותומך במחקרים רבים - בכל מוסדות המחקר האקדמיים ובמו"פים האזוריים. מטרתם העיקרית של מחקרים אלה היא לגבות את פעילות קק"ל מבחינה מדעית ולאפשר ליחידות השונות בקק"ל לבצע מדיניות נתמכת מדע.