קק"ל מנהלת את היערות ואת הנטיעות על פי מסמך תורת ניהול היער בישראל, שראה אור בשנת 2014 ומתבסס על הידע המתקדם והניסיון העשיר שנצבר בארגון. המסמך מציג את מכלול העקרונות וההנחיות לניהול היער בישראל, מגדיר את מטרות הייעור בארץ, את סוגי היערות ועקרונות תכנונם וניהולם ומפרט גם את כלי הממשק העומדים לרשות מנהל היער ואת עקרונות הפעלתם.
בהתאם לכתוב במסמך זה, אופן הנטיעה של קק"ל מותאם לאזור בו הוא מתבצע. בשטח מדינת ישראל קיימים שני אזורי אקלים: אזור אקלים ים-תיכוני ואזור אקלים צחיח-למחצה. כל אזור אקלים משפיע על שיטת הנטיעה, על מיני העצים הנטועים בו ועל דרכי ניהול היער.
התאמת היער לתנאים הסביבתיים מבטיחה את המשך קיומו לאורך זמן.
נטיעת עצים מתבצעת כיום בשני סוגי שטח: שטח יער חדש, שלא היה בו יער קודם לכן, ושטח חידוש יער, שטח שהיה בו בעבר יער שנכרת עקב נזק שנגרם לעצים מפגיעת מזיקים, בצורת, שריפות או שלג.
בשנים האחרונות חל צמצום בהיקף השטחים באזור צפון הארץ ומרכזה, שבו נוטעים יערות חדשים. רוב הנטיעות באזורים אלה הן נטיעת במסגרת חידוש יער, וזאת בגלל נזקים שנגרמו עם השנים לעצים, שהביאו לכריתת העצים הפגועים.