המסמכים עוברים תהליך מיון על פי נושאים ומפתוח. כאן נרשמים פרטיהם במחשב והם מתויקים באופן נושאי וכרונולוגי. לאחר גניזה בת כ-20 שנה בקק"ל, מועברים התיקים אשר מכילים חומר היסטורי רב-ערך ממגנזות קק"ל לארכיון הציוני, שם הם מאוחסנים ופתוחים לעיון הציבור הרחב.
המסמכים, אשר חלקם גם סרוקים, מציגים תמונת מצב של המבנה הארגוני של קק"ל בתקופה נתונה, וכן של פעולות שוטפות ופרויקטים מיוחדים. נושאים אלה מצביעים על רצף היסטורי והמשך תיעודי לעשייה רצופה, המשתלבת בזיכרון ההיסטורי של מדינת ישראל.
דרך הארכיון יכול הציבור גם להיעזר במידע על האוספים השונים שנוצרו על ידי קק"ל במהלך השנים: כרזות, יומני שנה, תצלומים, בולים, מפות, תוכניות חינוכיות בנושאי ארץ ישראל ודברי דפוס.