האתרים המרכזיים בפארק בגין נמצאים לאורך דרך שאורכה כ־11 ק"מ וחוצה את הפארק למלוא אורכו, בין המבואה המערבית למבואה המזרחית של הפארק. הדרך עבירה לרכב פרטי, אם כי חלק ממנה אבני מאוד ויש לנסוע בו לאט.
הדרך מתוארת מהכניסה המערבית למזרחית. סעו בזהירות: ככלל, דרכי פארק הן רב-תכליתיות ומותאמות לרכב מנועי, לרוכבי אופניים ולהולכי רגל.
ליד הכניסה לדרך נמצא חניון בר גיורא, מקום לשהיית יום וחניון מאושר ללינת לילה (לקבוצות בתיאום מראש). דרך היער, מסומנת בסימון שבילים שחור ובשילוט הכוונה של קק"ל יוצאת מהחניון מזרחה. לאחר כקילומטר, ליד עמוד מתח גבוה, הדרך פונה שמאלה בחדות ויורדת לשולי כרם הצומח בעמק קטן.
הדרך נפרדת מהכרם חולפת על פני דרך מסומנת אדום (משמאל) ופוגשת את הקצה השני של הדרך "האדומה" כחצי קילומטר הלאה, אחרי עיקול חד (מימין לקטע זה של הדרך נמצאת חורבת צום). מכאן אפשר לצאת צפונה בדרך "האדומה", ברגל או בנסיעה, ולהגיע אחרי כקילומטר אל נקודת המוצא לשביל מסומן ירוק המוביל לראש הר גיורא.
בהמשך הדרך מצטרף שביל ישראל לדרך "השחורה". כ־200 מ' אחר כך, במקום שהדרך פונה שמאלה, אפשר לעזוב את הדרך לשעה קלה ולבקר בעין מסלע. כדי להגיע לקרבת המעיין ברכב יש לנסוע במורד דרך בלתי מסומנת כ-100 מ' ולפני שער הכרם לפנות ימינה, להמשיך עוד כ־250 מ' ולחנות. המעיין נמצא בלב החורשה הקטנה שמעל לכרם. כדי למצוא את הבריכה שלו, יש לצעוד כ־200 מ' בשולי השדה הפתוח, בין החורשה והשדה ולרדת לעבר הכרם.
מעין מסלע נשוב לדרך המסומנת שחור וניסע רק כ־100 מ', למקום שבו היא חוצה את נחל יואל. גרם מדרגות קטן, משמאל לדרך, מציין את מקום המוצא של שביל הולכי רגל מסומן כחול. מבנה האבן ששרד כאן נבנה בימי המנדט הבריטי והיה בית הספר של ילדי האזור, רובם תושבי הכפר ראס אבו עמר. שביל הולכי רגל מסומן כחול עובר לאורך הגיא בין עצי בוסתן, מהיפים בהרי ירושלים.
מעין יואל נחזור לדרך "השחורה", נמשיך בנסיעה כ־100 מ' לצומת ובה דרך מסומנת ירוק. כדאי להמשיך שמאלה בדרך "הירוקה", הנוחה מאוד למעבר (המשך הדרך "השחורה" קשה למעבר רכב פרטי). הדרך "הירוקה" עוברת ביער קק"ל ומגיעה לעין קובי, מקום שבו הכשירה קק"ל חניון יום וחניון לילה, נטעה עצי בוסתן וטיפחה את מעיין הנקבה היפהפה.
עין קובי הוא צומת דרכים. מי שרוצה לסיים את הטיול, ימשיך כ־1.5 ק"מ במעלה דרך סלולה מסומנת ירוק למבואת מבוא ביתר (כביש 375); מי שרוצה לספוג עוד מנופי הפארק יוכל במקום זאת לנסוע במורד הדרך הירוקה. הדרך מגיעה לאחר כ-3 ק"מ לגשר נחל רפאים, חוצה את הנחל ועולה לעבר יד קנדי שביער עמינדב, מהלך כ־5 ק"מ נוספים. הדרך מוגדרת רשמית כדרך 4X4 אך עבירה לרכב פרטי.
אזהרה: אין לחצות את נחל רפאים בעת שיטפון.