כמי שבטיחות משתמשי היער, כמו גם השמירה על צביונו הייחודי, עומדות בראש סדר עדיפויותיה, הציעה קק"ל לנת"י חלופה לבניית החניון בחלקו הדרומי של היער (מדרום לכביש 443), חלופה שתהיה בטיחותית יותר ותמזער את הפגיעה ביער. לצערה של קק"ל בחרה נת"י להמשיך במתווה הראשוני ולהקים את החניון מצפון לכביש 443.
בעקבות עתירה מנהלית ובקשה לקבלת צו ביניים שהגישה קק"ל לעניין שלב א' של החניון הגיעו הצדדים להסכמות, במסגרתן קיבלה נת"י את דרישות הבטיחות של קק"ל והתחייבה לסלול בדרך הגישה לחניון מדרכה ושביל אופניים נפרדים, לצורך הבטחת ההפרדה בין הולכי הרגל ורוכבי האופניים המשתמשים ביער לבין המכוניות והאוטובוסים שייכנסו לחניון ויצאו ממנו, ולהתקין רמזורים במעבר התת-קרקעי המוביל לחניון.
מכיוון ששלב ב' טרם נבנה על ידי נת"י, ניסתה קק"ל למנוע את הפגיעה המיותרת ביער ובבטיחות משתמשיו והגישה עתירה מנהלית נוספת, ביחס לשלב ב' של החניון, שאמור להכפיל את כמות המכוניות החונות בחניון ויצריך כריתה בפועל של חלקת יער. העתירה נדחתה ולאור הדחייה הגישה קק"ל ערעור לבית המשפט העליון, שעודנו תלוי ועומד.
הסערה הציבורית בשל עבודות הקמת הרכבת הקלה בתל אביב ועומסי התחבורה הצפויים בעיר בתקופת העבודות, גרמה לחברת נת"ע, המנהלת את העבודות, לבקש לעשות שימוש בשלב א' של החניון וכן להקים את שלב ב', כחניון חנה וסע אשר ממנו יצאו היסעים לתל אביב וחזרה. לצורך כך ביקשה נת"ע להקים את החניון בפטור מהיתר בנייה ובפטור מתכנית, וזאת מכוח סמכות מיוחדת שהוקנתה לשר האוצר בחוק התכנון והבנייה (בהתייעצות עם המועצה הארצית לתכנון ולבנייה) לפטור עבודות בצו ביצוע מהצורך בהיתר בנייה ובקיומה של תכנית.
בדיון האחרון בפני בית המשפט העליון, שנערך ב-27 ביולי 2015, קבע בית המשפט העליון שהצדדים ימתינו להחלטת שר האוצר אם לתת צו כאמור, ולאחר מכן יגישו הצדדים לבית המשפט את עמדותיהם ביחס לערעור.