בישיבתו האחרונה של הקונגרס הציוני הראשון, שהתקיימה בבאזל באוגוסט 1897, העלה שפירא את הרעיון להקים את קרן קימת לישראל והסביר כי יש לבסס אותה על שלושה יסודות חשובים: ראשית, "מלבד הקרנות האחרות, תיווצר קרן מיוחדת ל[רכישת] קרקעות". שנית, "יש להבטיח כי בכספי הקרן לא ישתמשו למטרות אחרות". שלישית, "[יש להבטיח] שהקרן הזו לא תתרוקן לעולם". שפירא הוסיף כי "הקרן צריכה להיות קרן קימת ולהישאר כזו, ואין לגעת בה בטרם שהונה יעלה למיליון". [עמוד 15 בחוברת "פרופסור צבי שפירא: ילקוט לבתי הספר להעלאת עצמותיו לארץ", מתוך תיק "קרן קימת לישראל. מועצת המורים למען הקרן הקימת לישראל. חוברת למורים על צבי הרמן שפירא לציון יום העלאת עצמותיו לישראל" (מספר DD1\6180)].
האם שפירא אכן היה הראשון שהגה את הרעיון להקמת קרן קימת לישראל? מנחם אוסישקין שעמד בראש קק"ל בין השנים 1941-1923 נשא נאום שהתמקד בדמותו של שפירא, ובו הסביר כי אין תשובה חד משמעית לעניין זה. לדבריו, "כבכל תנועה לאומית גם בתנועתנו תסס הרעיון בטרם בא האיש לראשו עטרה האומה את הכתר של נושא הרעיון ויוצרו". על פי אוסישקין, הגושפנקא שניתנה לשפירא כהוגה רעיון הקמת קק"ל "לא הייתה על סמך העובדות ההיסטוריות, אלא מתוך הרגשה פנימית שהאיש ראוי לכתר זה". [עמ' 4-5 מתוך חוברת "פרופסור צבי שפירא: ילקוט לבתי הספר להעלאת עצמותיו לארץ", מתוך תיק "קרן קימת לישראל. מועצת המורים למען הקרן הקימת לישראל. חוברת למורים על צבי הרמן שפירא לציון יום העלאת עצמותיו לישראל" (מספר DD1\6180)].