קק"ל הינה אחד אחד הגורמים המובילים בתחום הצפרות בישראל. תחום הצפרות בקק"ל מורכב ממספר רבדים:
- ריכוז, תכנון, פיתוח והפעלה של רשת כנפי קק"ל (רשת הצפרות הארצית של קק"ל), הכוללת אתרי צפרות מהחולה בצפון ועד אילת בדרום.
- הדרכה מקצועית בתחום הצפרות לעובדי קק"ל ולמדריכי אתרי קליטת הקהל. זאת לצד הדרכות לציבור הרחב וקיום חוגי צפרות לנוער ולמבוגרים.
- ריכוז סקרים ומחקרים בנושא וקשרים בינלאומיים בתחום הצפרות.
- קיום אירועים: מאירוע הדגל השנתי "צפרתון קק"ל" מדי סוכות ועד אירועי סיום של חוגי הצפרות.