לקראת ביקורו של האפיפיור בנדיקטוס ה-16 בשנת 2009, הוטלה על מרחב מרכז של קק"ל המשימה לשדרג את הגן הישן ולהפכו לגן פורח, כראוי לבית נשיא המדינה.
לצורך התכנון גויס משרד מילר בלום, שתכנן את הגן המקורי, ובשיתוף עם אנשי בית הנשיא ועובדי המרחב הוכנה תכנית שדרוג יסודית.
לשדרוג הגן נבחרה צמחייה ארץ-ישראלית, והוא הותאם לצרכים השונים והמגוונים של הבית.
הפיתוח כלל הסדרת מערכת השקיה מודרנית, נטיעת עצי דקל בוגרים, שתילת אלפי שיחים בגדלים שונים, צמחי כיסוי רבים ו-700 מ"ר דשא. בצמחים נעשה ניסיון להתבסס על צמחייה מקומית רב-שנתית וחסכונית במים.
על הקיר המקיף את הגן הוקמה הגבהה דקורטיבית מעץ איפאה בגובה שני מטרים לצרכי הסתרה וביטחון. כמו כן הוצבו עשרות כדים גדולים ודקורטיביים עם צמחייה בשדרת הכניסה לגן ובמקומות רבים נוספים בו. בנוסף הוצבו גופי תאורה חדשים לאורך שדרת הכניסה והותקן שילוט, כולל שלט לעץ השלום שניטע על ידי בנדיקטוס. בריכת הנוי בכניסה למשכן הפכה לבריכת נוי ביולוגית הכוללת מזרקות, צמחיית מים ודגי נוי.