בית הכנסת העתיק התגלה בשנת 1957, במהלך סלילת כביש הגישה לקיבוץ ניר עוז. מחוסר תנאים מתאימים להצגת הפסיפס במקומו הטבעי, הסירו אותו מהאתר ושמרו אותו במחסני רשות העתיקות. קרן קימת לישראל, רשות העתיקות והמועצה האזורית אשכול התאגדו לביצוע פרויקט השיקום, והודות לתרומת ידידי קק”ל בקנדה, הושבה רצפת הפסיפס למקומה, והאתר הוסדר לביקור הקהל הרחב. סככה חדשה מגנה על האתר ועל הפסיפס, ששוקם ושומר בידי צוות השימור של רשות העתיקות במוזאון רוקפלר בירושלים. הפרויקט כלל הקמת מבנה, פיתוח וסלילת דרך.