תכנית הניטור עוסקת באגן המזרחי של בקעת בית נטופה ( 34 קמ"ר) המחולק לאזורי ההר (רכס אחים מצפון ורכס הטורען מדרום) ולאזור העמק. המיקוד של תכנית הניטור הנכחית הוא בתחום העמק, ובעיקר בשטח הבלתי מנוקז (כ-22 קמ"ר). שימושי הקרקע באגן נחלקים לשטחי יער וחקלאות על המורדות המנוהלים בעיקר על ידי קק"ל, ושטח חקלאי לא מושקה בעמק, בעיקרו בבעלות פרטית של חקלאים מהיישובים הסמוכים, ומיעוטו שטח בבעלות המדינה וקק"ל.
שילוב התנאים של עמק המוצף בחורף והעיבוד החקלאי המסורתי של השטחים, יוצרים בבקעה בתי גידול ותצורות נוף ייחודיות המעלים את הערך האקולוגי והנופי שלה. בסקרים שנעשו בשטח נמצאה כמות גדולה יחסית של מינים נדירים ומינים בסכנת הכחדה. ההצפה השנתית מייצרת אלמנט נופי ייחודי בפני עצמו, שהוגדר על ידי מוסדות התכנון כערך נוף לשימור.
בנוסף לערכים הנופיים והסביבתיים, צרכי הפיתוח של השטח החקלאי ושטחים לפיתוח צמוד דופן ביישובים הסמוכים, נדרשים להתייחסות תכנונית שתתווה את הדרך לשילוב מושכל יחד עם הערכים הסביבתיים. על מנת להצליח לייצר תכנון תבוני מהסוג שנדרש לפיתוח השטח המורכב, נדרשת העמקה והבנה של הגורמים הפיזיים, הביולוגיים, החקלאיים והאנושיים, והמנגנונים השונים הפועלים בו.